برخی نمایندگان مجلس از جمله علی خضریان و امیرحسین ثابتی اخیرا از حضور رئیس قوه قضاییه در بنیاد مستضعفان گلایه کردهاند. این در حالی است که حجتالاسلام محسنی اژهای در جلسهای که با مدیران بنیاد داشت، بر لزوم رعایت دو اصل شفافیت و انضباط تاکید کرد. رئیس قوه قضاییه در نشست با مدیران ارشد بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی در همین راستا خاطرنشان کرد که «امور انجام شده باید شفاف و منضبط باشند تا بتوانیم از برنامهها و قراردادهای خود به صورت متقن دفاع کنیم و آنها را برای مردم و جامعه تبیین کنیم.»