استقلال نسبی دانشگاه آزاد از دولت، همواره موافقان و مخالفانی داشته است. به عقیده زیباکلام یکی از دلایلی که ممکن است در مدیریت دانشگاه در آینده دخل و تصرف شود، به نوع نگاه حاکمیت برمیگردد: «به هر حال حاکمیت نهادهای مستقل را برنمیتابد. خیلیها بدشان نمیآید دانشگاه آزاد برود زیر نظر وزارت علوم چیزی شبیه به این.»